Per garantir una adequada gestió s'establirà un sistema de control i d'auditories exhaustiu. En aquest sentit, el Pla de Recuperació afirma que el disseny d'aquest descansa sobre dos pilars. D'una banda, un sistema diferent de l'utilitzat per als fons estructurals i la resta de fons europeus, l'objectiu del qual sigui el control dels objectius identificats i, si escau, corregir irregularitats. I, d'una altra, els sistemes d'auditories existents a les Administracions Públiques, tot i que reforçant-ne i adaptant-ne l'enfocament.
Per a això, el sistema de control es desplegarà en tres nivells diferenciats: el nivell 1, de control intern de l'òrgan executor; el 2, de control intern de l'òrgan independent; i el 3, de règim d'auditories i controls ex post nacionals. La Intervenció General de l'Administració de l'Estat (IGAE) és l'Autoritat de Control del Mecanisme de Recuperació, de conformitat amb el que estableix l'article 21 del Reial decret llei 36/2020.